Bei der Vergütung der Komplementär-GmbH durch die GmbH & Co. KG sind einige Besonderheiten im Rahmen der Umsatzsteuer zu beachten. Üblicherweise übernimmt die Komplementär-GmbH die Geschäftsführung der GmbH & Co. KG, wobei diese durch ihren Geschäftsführer vertreten wird. Letzterer kann zugleich Gesellschafter der GmbH und/oder der KG sein, aber auch ein  Geschäftsführer ohne Beteiligung an der GmbH und/oder der KG. Sofern die Komplementär-GmbH ausschließlich die Geschäftsführung übernimmt, wird regelmäßig eine feste bzw. gewinnabhängige Vergütung, ein Auslagenersatz sowie eine Haftungsvergütung  vereinbart.

1. Vergütung der Geschäftsführung umsatzsteuerpflichtig

Erhält die Komplementär-GmbH von der GmbH & Co. KG eine feste monatliche Vergütung für die Geschäftsführung, fällt aufgrund der Änderung der  Rechtsprechung des BFH seit 2004 Umsatzsteuer hierauf an. Eine feste monatliche Vergütung für die Geschäftsführung ist umsatzsteuerpflichtig, so dass die GmbH eine entsprechende ausgewiesene Umsatzsteuer ans Finanzamt abführen, unabhängig davon, ob das Geschäftsführergehalt selbst der Umsatzsteuer unterliegt oder nicht. Solange die GmbH & Co. KG keine Umsätze ausführt, die den Vorsteuerabzug ausschließen (z. B. Vermietung von Immobilien, ärztliche Leistungen), bleibt die Umsatzsteuer ein durchlaufender Posten. Was die GmbH in ihrer Rechnung gegenüber der GmbH & Co. KG an Umsatzsteuer ausweist, kann letztere als Vorsteuer abziehen.

Eine Ausnahme ist die sog. Einheits-GmbH & Co. KG, bei die KG zu 100% an der Komplementär-GmbH beteiligt ist. In diesem besonderen Fall liegt eine Organschaft zwischen KG und GmbH vor, so dass Zahlungen zwischen KG und GmbH immer ohne USt. erfolgen (A 21 Abs 4 UStR 2008).

2. Haftungsvergütung

Regelmäßig erhält die Komplementär-GmbH auch eine Haftungsvergütung für die Übernahme der Haftung in der KG. Handelt es sich hierbei um eine pauschale jährliche Vergütung neben der gezahlten Vergütung für die Geschäftsführung, behandelt das Finanzamt diese Leistung gem. A 6 Abs. 6 UstR 2008 ebenfalls als umsatzsteuerpflichtig, so dass die GmbH (auch) auf die Haftungsvergütung Umsatzsteuer abzuführen hat. Ansonsten wird die Haftungsvergütung gem. A 6 Abs. 6 UStR grundsätzlich nicht im Rahmen eines Leistungsverhältnisses gewährt und ist somit nicht umsatzsteuerbar. Erhält die Komplementär-GmbH also nur eine Haftungsvergütung, fällt keine Umsatzsteuer an.

3. Auslagenersatz an die Komplementär-GmbH

Erstattet die GmbH & Co. KG der Komplementär-GmbH Auslagen im Rahmen der Geschäftsführung, sind diese Leistungen grundsätzlich umsatzsteuerpflichtig.